Tra il 1742 e il 1762 l'aspetto gotico fu celato da decorazioni barocche progettate da Domenico Antonio Vaccaro, Gaetano Buonocore e da Giovanni del Gaizo. La volta fu decorata da stucchi e affreschi di Francesco de Mura, Giuseppe Bonito, Sebastiano Conca e Paolo de Maio: l'immensa navata fu trasformata in uno degli ambienti barocchi più belli d' Italia, conservata fino al bombardamento Alleato del 4 agosto 1943, che provocò un incendio durato quasi due giorni. Dopo l' incedio risultarono distrutti il tetto e la decorazione barocca e inoltre le opere scultoree furono totalmente o parzialmente danneggiate; quelle sopravvissute furono spostate in un secondo luogo dopo i restauri ultimati nel 1953, tranne il pavimento disegnato da Ferdinando Fuga.

L'interno "moderno" è formato da un'unica aula rettangolare disadorna senza transetti e dieci cappelle per lato. Sulla parete di fondo è posto il Sepolcro di Roberto d'Angiò, opera dei fiorentini Giovanni e Pacio Bertini. Ai laterali del Sepolcro di Roberto ci sono quelli del primogenito Carlo, Duca di Calabria e di Maria di Valois entrambe di Tino di Camaino e il Sepolcro di Maria di Durazzo di un ignoto maestro durazzesco. Sulla controfacciata sono posti ulteriori sepolcri: il Sepolcro Antonio Penna di Antonio Baboccio e quello di Agnese e Clemenza di Durazzo. Nelle venti cappelle ci sono tombe risalenti dal XIV secolo al XVII secolo di nobili famiglie napoletane.

A destra del Presbiterio si passa alla barocca sagrestia con affreschi e mobili risalenti al 1692; in una sala adiacente si può ammirare un panno ricamato del XVII secolo. Si attarversano due ambienti: il primo decorato da maioliche del XVIII secolo; il secondo conserva affreschi di un pittore fiammingo del XVI secolo. Si passa di fronte ad una scalinata chiusa al pubblico che sale al convento, per un portale gotico, si accede al Coro delle Monache. Concepito come una piccola chiesa ricorda molto una sala capitolare e ornata con l'Arcosolio del Re Roberto degli scultori Giovanni e Pacio Bertini, sulle pareti resti di affreschi di Giotto e frammenti di alcuni affreschi rinascimentali.