I chiostri di Santa Chiara sono tre: il Chiostro delle Clarisse, il Chiostro dei Frati Minori e il Chiostro di Servizio.

Il Chiostro delle Clarisse fu completamente traformato da Domenico Antonio Vaccaro che mantenne la struttura gotica ridisegnado solo il giardino rustico decorato da preziose riggiole maiolicate, ricollocate dopo la Seconda guerra mondiale, di Giuseppe Massa e Donato Massa. Il Giardino si solleva sul piano dell'ambulacro, alle pareti affreschi barocchi, con un muretto decorato da riggiole con paesaggi; due viali dividono il chiostro a croce il giardino, fiancheggiati da sedili rivestiti da riggiole con Paesaggi, Scene campestri, Mascherate, Scene mitologiche, ecc. Tra le aiuole ci sono due fontane con fondo ricoperto da riggiole, una di queste contiene dei leoni del XIV secolo.

I chiostri minori hanno poca importanza artistica e storica, i due chiostri mantengono la struttura gotica originaria. Il Chiostro dei Frati Minori risale al periodo di quello delle Clarisse, è ricordato solamentente per la varietà dei capitelli che sormontano i pilastri sormontanti archi acuti. È posto dietro il settecentesco refettorio, risale al XIV secolo e non ha nessuna importanza storica e artistica.