La chiesa a navata unica con quattro cappelle (due di esse sono comunicanti con le prime di destra e di sinistra) presenta un alto livello di decorazione a cavallo tra il XVI secolo e il XVIII secolo. Cosimo Fanzago e l'autore delle transenne delle cappelle e della decorazione delle cappelle di San Bruno e del Battista, sempre del Fanzago sono i festoni di frutta sui pilastri e quattro putti marmorei sulle arcate delle cappelle. Il pavimento marmoreo della navata è di frà Bonaventuta Presti che riutilizzò alcuni marmi intarsiati dal Fanzago; ai lati del potale d'ingresso ci sono due statue del Fanzago, che però furono terminate da Alessandro Rondone; sempre nei pressi del portale ci sono due tele di Jusepe de Ribera e sopra il portale una Deposizione di Massimo Stanzione. Nella volta c'è il ciclo pittorico di Giovanni Lanfranco che maschera le strutture a crociera delle volte.

Ci sono diverse cappelle nella Chiesa. A destra troviamo la Cappella detta di S. Ugo, che contiene affreschi dello Stanzione, di Andrea Vaccaro e di Belisario Corenzio e sculture di Matteo Bottigliero. A destra di questa cappella, si accede alla Cappella del Rosario, decorata dal Vaccaro e contenente una tela di Battistello Caracciolo. C'è poi la Cappella detta del Battista, decorata dal Fanzago si presenta con dipinti di Carlo Maratta, di Paolo De Matteis e dello Stanzione e con sculture di Lorenzo Vaccaro terminate dal figlio Domenico. Nella Cappella detta di San Martino si trova una decorazione del Seicento trasformata da Nicola Tagliacozzi Canale nel Settecento; nella cappella ci sono statue di Giuseppe Sanmartino, affreschi di Paolo Finoglio e, di lato, due tele di Francesco Solimena.

A sinistra troviamo la Cappella detta di S. Gennaro, decorata con marmi commessi del primo '600, affreschi e tele di Battistello Caracciolo, altorilievi e statue di Domenico Antonio Vaccaro. A destra di questa si accede alla Cappella di S. Giuseppe, decorata da Domenico Vaccaro. Segue la Cappella detta di S. Bruno, che presenta una decorazione fanzaghiana e pittorica dello Stanzione, statue di Lorenzo Vaccaro (terminate dal figlio Domenico), oltre al pavimento e due angioletti marmorei, sempre opera di Lorenzo Vaccaro. Nella Cappella detta dell'Assunta si trova una decorazione secententesca completata da Nicola Tagliacozzi Canale, sull'altare e alle pareti dipinti di Francesco de Mura, nella volta affreschi di Battistello Caracciolo, statue di Giuseppe Sanmartino. A destra si accede alla Cappella di San Nicola, con affreschi di Belisario Corenzio e una tela di Pacecco De Rosa.

Nel presbiterio, antistante all'altare, c'e la balaustra in pietre dure realizzata su disegno del Tagliacozzi Canale. L'altare invece è realizzato su disegno di Francesco Solimena. Nell'abside, si trova il pavimento marmoreo del Fanzago e un grandioso coro ligneo del 1629. Nella parete di fondo statue di Pietro Bernini e Giovanni Battista Caccini e una Natività di Guido Reni. Nella volta affreschi del Cavalier d'Arpino e Giovanni Lanfranco. Nella parete destra affreschi dello Stanzione, di Carletto Caliari. Alla parete sinistra affreschi di Jusepe de Ribera e di Battistello Caracciolo.

Nella Sala Capitolare ci sono affreschi di Belisario Corenzio, Paolo Finoglio, Battistello Caracciolo, Massimo Stanzione e Francesco de Mura. Nel Coro dei Conversi ci sono vedute della certosa gotica e arazzi, e un lavamano di Cosimo Fanzago. La cappella della Maddalena è affrescata con prospettive; sull'altare si trova una tela di Andrea Vaccaro. Nella sagrestia ci sono affreschi del Cavalier d'Arpino e di Massimo Stanzione. Nel Passaggio alla Cappella ci sono affreschi di Massimo Stanzione, Luca Giordano, Paolo De Matteis e Micco Spadaro. La Cappella del Tesoro è affrescata da Jusepe de Ribera e da Luca Giordano.

Ci sono due chiostri: il primo è il quello detto Chiostro dei procuratori: disegnato dal Dosio con puteale al centro. Ad esso è collegato il corridoio che porta al Refettorio del XVIII secolo disegnato da Nicola Tagliacozzi Canale. Il secondo, detto Chiostro Grande, fu disegnato dal Dosio e rifatto dal Fanzago realizzando le mezze lesene agli angoli dell'ambulacro, i busti sulle sette porte sone del Fanzago tranne due che sono di Domenico Antonio Vaccaro. La balaustra del cimiterino dei monaci e di Cosimo Fanzago che realizzò un motivo con teschi ed ossa. Al centro un puteale del Dosio.