Come tutti i vulcani l'Etna si è formato nel corso dei millenni con un processo di costruzione e distruzione iniziato intorno a 600.000 anni fa, nel Quaternario. Al suo posto si ritiene vi fosse un ampio golfo nel punto di contatto tra la zolla euro-asiatica a nord e la zolla Africana a sud, corrispondente alla catena dei monti Peloritani a settentrione e all'altopiano Ibleo a meridione. Fu proprio il colossale attrito tra le due zolle a dare origine alle prime eruzioni sottomarine di lava basaltica fluidissima con la nascita dei primi coni vulcanici, al centro del golfo primordiale detto pre-etneo. Si ritiene che tra 200 e 100.000 anni fa questi coni entrarono in una nuova fase di attività eruttiva emettendo lave di altro tipo, alcalo-basaltiche.

Il principale dei coni, che viene denominato dagli studiosi Monte Calanna, è oggi inglobato al di sotto del vulcano. Cessata l'attività di questo, circa ottantamila anni fa entrò in eruzione un nuovo complesso di coni vulcanici, detto Trifoglietto, più ad ovest del precedente, che a dispetto del grazioso nome fu un vulcano estremamente pericoloso, di tipo esplosivo, come ad esempio il Vesuvio e Vulcano delle isole Eolie, che emetteva lave di tipo molto viscoso. L'attività vulcanica si spostò poi ancor più ad ovest con la nascita di un ulteriore bocca vulcanica a cui vien dato il nome di Trifoglietto II. Il sistema esplose circa 64.000 anni fa dando luogo ad una tremenda eruzione che svuotò la camera magmatica, di conseguenza il complesso vulcanico collassò e diede origine all'immensa caldera detta Valle del Bove profonda mille metri e larga cinquemila. Il collasso del vulcano che con le sue eruzioni ormai aveva riempito quasi del tutto il golfo preesistente, portò ad un lungo periodo durato circa 30.000 anni in cui si alternavano fasi di effusione lavica basaltica a fasi esplosive violente con formazione di tufi e altri prodotti piroclastici; al termine del periodo, un nuovo grande cono laterale, ancora più ad ovest, entrò in attività. Era nato il Mongibello, che è quello che forma il complesso ancor oggi in attività.

Nel corso del tempo si sono avute fasi di stanca e fasi di attività eruttiva, con un collasso del Mongibello intorno a ottomila anni fa; le lave son ritornate ad essere di tipo fluido basaltico e si sono formati altri coni di cui alcuni molto recenti come la Bocca Nuova e il cratere di Nord-est. Il vulcano attuale è ricoperto inoltre di piccole bocche laterali, dette effimere, prodotte dalle varie eruzioni nel tempo. Un cono abbastanza anomalo è quello di Mojo molto a nord e decentrato, cono che entrò improvvisamente in eruzione, nel medioevo, a ridosso del villaggio abitato costringendo gli abitanti a una precipitosa fuga verso i monti.