Nel lago ci sono cinque isole. La più grande è l'Isola del Garda, vicino a questa la più piccola, l'Isola di San Biagio anche detta "dei Conigli", un vero e proprio microscoglio di appena 100 metri quadrati che dista poche decine di metri dalla costa; entrambe sono situate nei pressi di San Felice del Benaco, verso Salò sulla costa bresciana.

Vi è poi un'altra isola, la seconda per grandezza, l'Isola del Trimelone grande 6000 metri quadrati, famosa per essere stata una polveriera su cui sono stati raccolti ordigni inesplosi della prima e seconda guerra mondiale. Le altre due più piccole sono l'Isola del Sogno, che nei periodi di secca può essere raggiunta a piedi dalla costa che dista appena 20 metri dalla penisola del sogno, e l'Isola degli Olivi.