Secondo la tradizione fu lo stesso Francesco ad indicare il luogo in cui voleva essere sepolto. Si tratta della collina inferiore della città dove, abitualmente, venivano sepolti i "senza legge", i condannati dalla giustizia (forse anche per questo era chiamata Collis inferni). Su quel colle, che poi verrà chiamato Colle del Paradiso sarà edificata la basilica che porta il suo nome.

La fama del Santo è ormai universale. Per completare la basilica arrivano offerte da ogni parte del mondo. Tutto il complesso architettonico verrà completato nel giro di poco più di un secolo. Per costruire questa chiesa vengono chiamati maestri architetti, artigiani e pittori tra i più grandi del mondo allora conosciuto.

Nel 1230 la salma di Francesco viene trasferita dalla chiesa di San Giorgio (la futura chiesa di Santa Chiara) per essere tumulata nella basilica costruita in suo onore. Sepolto sotto l'altare maggiore in un luogo inaccessibile nei secoli, si perde memoria del punto preciso dove si trova il corpo di Francesco. In seguito al ritrovamento nel XIX secolo, viene scavata la cripta. Assisi diviene così, per tutti i pellegrini, una tappa fondamentale lungo il viaggio per Roma.

La struttura abbastanza semplice che si intendeva dare all'inizio viene quasi subito modificata secondo linee più maestose, ispirandosi in parte all'architettura romanica lombarda. Il complesso è formato da due chiese sovrapposte e indipendenti. Entrambe, nel progetto iniziale, hanno navata unica con transetto sporgente e abside. In seguito, quella inferiore, verrà arricchita di cappelle laterali.

A ridosso del fianco absidale si alza l'altissima torre del campanile romanico, con un gioco di cornici e archetti pensili che ne spezzano la corsa verso l'alto. Di fronte all'atrio che precede l'ingresso della Basilica inferiore si trova l'ex Oratorio di San Bernardino, costruito per il Terz'Ordine francescano da maestranze lombarde intorno alla metà del XV secolo. Dietro il portale si entra nel <>Sacro Convento che, oltre alla comunità dei frati minori conventuali, attualmente ospita l'Istituto Teologico, un Centro di documentazione ed un importante fondo archivistico e bibliotecario, specializzato in cose francescane.