Il santuario, giunto fino a noi nel rifacimento di epoca sillana, comprende una terrazza superiore ("campo trincerato") con uso prevalentemente militare, e una terrazza inferiore, che ospita il grande tempio e il santuario oracolare. Verso ovest una terza terrazza ("piccolo tempio") presentava una serie di camere a volta, ornate da affreschi e fu in parte rimaneggiata per l'inserimento del convento di San Michele Arcangelo.

Il Campo "trincerato". La parte alta del santuario corrispondeva alla zona militare, dotata di una cinta di mura con nove torri circolari che proteggeva il santuario e lo collegava all'acropoli della città. Il campo era costituito da un portico su tre lati di un piazzale aperto verso sud: alle spalle del braccio di fondo era un camminamento di ronda e una serie di cisterne collegate tra loro.

All'angolo sud-ovest del piazzale si trova un piccolo tempio in antis (con cella preceduta da due colonne tra i prolungamenti del muro della cella stessa).

Il tempio. Sulla grande sostruzione inferiore sorgeva il grande tempio (18,70 x 32,58 m), con orientamento divergente da quello della terrazza e con la facciata volta quasi esattamente verso sud.

L'edificio sorgeva su un alto podio, a cui si accedeva con una scalinata frontale di dodici scalini, che forse ospitava al centro l'altare. Il pronao, profondo quasi quanto la cella, aveva sei colonne corinzie in calcare sulla fronte e quattro sui lati.

La cella, a pianta quasi quadrata (14,10 x 13,60 m), era decorata all'esterno da sei semicolonne sui fianchi e sei sul retro, in muratura stuccata, addossate alle pareti. All'interno era un mosaico in tessere bianche, bordato da una semplice fascia nera, e sul fondo era il podio per la statua della divinità. In un primo momento la cella era più ampia all'interno, ma venne in seguito foderata da un muro interno di riforzo, forse in seguito ad un incendio.

La terrazza del tempio. Alle spalle del tempio la terrazza, ricavata in parte nella roccia, era chiusa verso nord da un portico con lo stesso orientamento dell'edificio sacro. Questo, costruito contro la roccia della collina, era sopraelevato con tre gradini e dotato in origine di un colonnato, forse corinzio. L'interno doveva essere dipinto e costituiva luogo di sosta per i pellegrini.

Sul fianco occidentale del tempio si trovava il santuario oracolare: una roccia naturale isolata, con cavità all'interno collegate tra loro, che permettevano di far arrivare il soffio di aria all'esterno. La roccia fu rivestita da un basamento quadrangolare in opera incerta, che sosteneva un'edicola con quattro colonnine in laterizio con capitelli ionici in travertino. Ai piedi della roccia era stata scavata una fossa, dove negli scavi del 1894 si rinvennero numerose offerte votive in piombo. Il santuario oracolare era chiuso da un muro e accessibile solo dall'estremità del portico.

Dalla terrazza sul lato est una scala permette di raggiungere i tre ambienti coperti a volta al livello inferiore, i quali danno accesso alla facciata del basamento di sostruzione della terrazza. Questo, poggiato su una ulteriore terrazza di fondazione e costruito in opera incerta, si presenta in facciata con dodici arcate che danno accesso ad altrettanti ambienti coperti da volte a botte e collegati da alti passaggi arcuati nei muri tra un ambiente e l'altro. Sul fondo alternativamente porte e finestre danno verso un lungo corridoio (largo circa 3,50 m) anch'esso coperto a volta e rivestito da intonaco.

Alle spalle del corridoio si apre una grotta naturale, a un livello inferiore, successivamente regolarizzata, probabilmente collegata con il santuario oracolare.

Nella parte più alta della terrazza, verso ovest, resta traccia di un più antico muro di sostruzione in opera poligonale, che apparteneva alla più antica fase del santuario, costituita da due terrazzamenti a livelli diversi, poi sostituiti dalla grandiosa sostruzione sillana per l'erezione del tempio.

Il "piccolo tempio". Verso ovest un terrazzamento si pone all'arrivo dell'antica strada proveniente dalla città, che vi passava davanti. Vi si trovano nove ambienti voltati, costruiti in un'opera incerta, più irregolare e probabilmente più antica di quella del terrazzamento del tempio e aperti con arcate allungate, fiancheggiati da avancopri più sporgenti. Anche questi ambienti comunicano tra loro per mezzo di passaggi arcuati e si aprono verso l'esterno con ampie arcate come le successive sostruzioni della terrazza del tempio. Gli ambienti conservano tracce di affreschi in primo stile pompeiano (stucchi e dipinti imitanti un rivestimento marmoreo), attribuibili al terzo quarto del II secolo a.C..

Allo stesso modo alle spalle di questi ambienti si apre un corridoio coperto a volta, attualmente in parte crollato. Alle spalle si aprono tre cisterne, la principale formata da due ambienti intercomunicanti. Nella parte superiore della terrazza resta traccia di un ambiente con pavimento in mosaico bianco e nero.

Alla estremità orientale del corridoio interno si insediò la chiesa del convento di San Michele Arcangelo: di questa fase restano tracce di affreschi del IX secolo (Madonna con Bambino tra i santi Michele e Gabriele sulla parete di fondo, dove era posto l'altare). Resti di altri ambienti pertinenti al monastero, con basamenti per torchi e vasche, sono stati riportati in luce nel 1988 nella parte più alta della terrazza.

L'interpretazione di queste strutture è incerta: si possono riferire ad una prima fase del santuario, con l'erezione di un primo tempio, oggi scomparso per i successivi interventi alto medioevali, ovvero a ambienti di alloggio e di servizio.