L’edificio, dedicato per l’appunto alla dea greca Giunone, fu costruito intorno al 450 a. C. in stile dorico, è composto da un periptero di tredici colonne per sei, con pronao e opistodomo sul davanti, delle scale per l’ispezione del tetto e un krepidoma di quattro gradini. Fino a tutto il Settecento sono state eseguite delle anastilosi nel tentativo di conservare l’edificio quanto più possibile fedele alla costruzione originaria. Sono rimasti intatti negli anni, grazie a questo metodo di ristrutturazione, il colonnato settentrionale con l’epistilio e parte del fregio, più alcuni elementi della cella.

L’edificio, malgrado le successive ristrutturazioni avvenute in epoca romana (con la sostituzione delle tegole fittili con quelle marmoree e con l’aggiunta del piano inclinato alla fronte orientale, sul cui lato si intravedono diversi resti dell’altare), non riesce a nascondere i segni dell’incendio del 406 a. C. Continuando la strada in direzione ovest è possibile scorgere gli arcosoli scavati nella roccia all’interno delle mura, probabilmente di epoca bizantina, che appartengono alla vasta area cimiteriale, collegata con la Chiesa dei SS Pietro e Paolo< b>, fatta costruire verso la fine del VI secolo d. C. dal Vescovo Gregorio all’interno del Tempio della Concordia.