Tra il 492 e il 496 il Papa Gelasio I affidò ad Esculenzio, allora vescovo di Potenza, l'incarico di dedicare a SAn Michele e a Marco (o Martino) la Chiesa. Non ci sono prove a sostegno della tesi che questa antica chiesa coincida con quella attuale, ma ciò che si può sostenere è che fin dal V secolo esisteva a Potenza una chiesa dedicata al Santo.

Nel 1206 il vescovo Enrico fece dono al clero di San Michele della Chiesa di San Giacomo Apostolo, che si trovava fuori le mura della città, a Portasalza. Del 1571 è un inventario che elenca le reliquie custodite dalla Chiesa di San Michele, tutte fatte oggetto di venerazione.