E' la sezione nata per prima, attraverso l'acquisizione di centinaia di documenti d'epoca, da metà settecento al 1950., che comprendono tanto la Marina Mercantile (velica), quanto la Marina da guerra. Nelle teche sono visibili, tra le altre cose, diari di bordo, manoscritti, libretti di navigazione, atti di scomparsa in mare, documenti di carico, una raccolta di antiche polizze di carico, matricole della Gente di Mare e registri di contabilità, che ben rappresentano quello che è stato il mondo della marina velica mercantile ligure.

Molti dei documenti esposti sono dei "lasciapassare" governativi, con attestati che riportano le firme dei vari Ministri del Regno d'Italia e la sede delle successi ve capitali. Ci sono, inoltre, molti Attestati di Congedo dei Dipartimenti Marittimi, firmati dal Comandante in Capo e sottoscritti dai Membri del Consiglio Principale d'Amministrazione della Prima Divisione del Corpo Reale Equipaggi (la cosidetta "Armata di mare"). Infine, ci sono un libro dei Segnali Generali e un Codice dei Segnali del 1750.