Le origini del Duomo di Messina risalgono al periodo normanno e fu Ruggero I di Sicilia a volerne la rifondazione, dopo la profanazione e i guasti apportati dai Saraceni durante la loro dominazione. Fu consacrato il 22 settembre 1197 dall'Arcivescovo Berardo, presenti l'Imperatore Enrico VI, figlio di Federico Barbarossa, e la Regina Costanza d'Altavilla, ultima principessa normanna, che a lui era andata sposa e gli aveva portato in dote il Regno di Sicilia. Le strutture originarie del sacro edificio, lungo il corso dei secoli, sono andate soggette a frequentissime trasformazioni, talora con l'aggiunta di elementi architettonici e decorativi che indulgevano al gusto del tempo. Ciò fu dovuto quasi sempre alle ferite inflitte da disastrosi eventi, soprattutto da terremoti, e alla conseguente necessità di ricostruire in tutto o in parte.

La prima distruzione venne nel 1254, provocata da un furioso incendio durante i funerali di Corrado IV. Con l'Arcivescovo Guidotto De Abbiate (1304 - 1333) si iniziò un periodo di lento ma continuo arricchimento, che durò sino a tutto il '500. Vennero introdotti elementi decorativi di grande rilievo, quali i mosaici, le decorazioni del soffitto, gli splendidi portali, il rivestimento marmoreo della facciata, l'imponente complesso dell'Apostolato, il cui autore, Giovanni Angelo Montorsoli, discepolo e collaboratore di Michelangelo Buonarroti, costruì contemporaneamente la splendida fontana di Orione che si ammira sulla piazza del Duomo.

Poi venne il barocco, con la sovrapposizione di elementi che deturparono la nobiltà e semplicità delle linee: stucchi, cornici, putti, festoni, un'infinità di altari; si giunse a trasformare gli archi ogivali in arcate romaniche. Dopo il terremoto del 1783 fu persino modificata la struttura per il gusto di sovrapporre una cupola lignea all'incrocio della navata col transetto. Fu demolito il campanile e furono affiancate due torri neogotiche alle absidi.

Con il terremoto del 1908 l'edificio crollò quasi completamente. La ricostruzione, operata negli anni Venti, riportò il tempio alle linee originarie. Grazie a pazienti opere di restauro fu possibile recuperare quasi tutte le opere d'arte. Ma una nuova distruzione, e per certi aspetti più grave, causarono gli eventi bellici. La notte del 13 giugno 1943 due spezzoni incendiari sganciati nel corso di un'incursione aerea alleata trasformarono in un rogo la Cattedrale, inaugurata appena 13 anni prima: restarono solo le strutture perimetrali, mentre ciò che era stato recuperato dopo il terremoto fu quasi del tutto ridotto in cenere. Toccò all'Arcivescovo mons. Angelo Paino, che aveva già fatto risorgere il tempio dalle macerie del terremoto, provvedere alla nuova ricostruzione. Nell'agosto del 1947 la Cattedrale veniva riaperta al culto e dal Papa Pio XII veniva insignita del titolo di Basilica. Le statue, i marmi ed i mosaici sono quasi tutti pregevoli copie degli originali perduti.