Varie calamità, e in particolare i sismi, hanno colpito più volte nei secoli la città, danneggiando o distruggendone i monumenti. Non sfugge alla regola il campanile del Duomo, costruito all'inizio del XVI secolo e qualche decennio dopo parzialmente rifatto a seguito dell'impatto di un fulmine. Il terremoto del 1783 lo danneggiò gravemente; in seguito si procedette ad operarne la demolizione, anche per adeguare la struttura del tempio al cambiamento di gusto dell'epoca.

Il campanile attuale risale al 1908 e fu progettato sui disegni di quello vecchio. Alto circa 90 metri, a forma di torre con tetto a cuspide, alleggerito su tutti i lati da coppie di bifore con arco a sesto tondo, contiene un magnifico orologio animato, vero gioiello meccanico, commissionato dall'Arcivescovo Angelo Paino alla ditta Ungerer di Strasburgo nel 1933. Tale sistema è considerato il più grande ed il più complesso orologio meccanico ed astronomico del mondo.

L'orologio non è composto soltanto di elementi misuratori del tempo (quadrante delle ore, indicatore delle fasi lunari, calendario astronomico con i segni zodiacali), ma mette in scena delle rappresentazioni allegoriche, quali le statue di Dina e Clarenza (storia civile di Messina) che suonano le campane; la sequenza che porta alla costruzione della Chiesa di Montalto (storia religiosa della città); i momenti principali della liturgia cristiana (Natale, Epifania, Resurrezione e Pentecoste). Sono presenti anche simbolismi relativi alla vita dell'uomo, che passa sotto la falce della Morte, e alla simbologia animale: il gallo e il leone fanno parte della sequenza animata che, arricchita da effetti sonori, intrattiene ogni giorno turisti e Messinesi allo scoccare del mezzogiorno.