Le successive tre sale dalla 29 alla 31 ospitano artisti cinquecenteschi dell'Emilia Romagna (soprattutto delle aree di Parma e di Ferrara) e dell'Italia centrale. Spicca qui una delle opere più famose della galleria, la Madonna dal collo lungo di Parmigianino. La sinuosa bellezza della Vergine fa spesso non fa spesso accorgere che si tratta di un'opera rimasta incompiuta nella parte destra, con uno sfondo approssimativo nel quale erano previste altre figure (esiste infatti il piede in un personaggio interrotto). Sempre del Parmigianino è la Madonna col bambino e santi (1530), mentre altre opere significative sono quelle di Luca Cambiaso (Madonna col bambino 1570) o dell'eccentrico Dosso Dossi, pittore di corte presso gli Este di Ferrara (Apparizione della Vergine ai santi Giovanni Battista e Giovanni Evangelista o la grottesca scena della Stregoneria del 1535 circa).