Della chiesa che sorgeva accanto a Palazzo Vecchio restano solo alcune arcate visibili da via della Ninna, e una navata che fa parte degli Uffizi, adiacente alla biglietteria usata nella seconda metà del Novecento. La sala di San Pier Scheraggio viene usata per conferenze, per esposizioni temporanee o per esporre opere che non trovano spazio nel percorso espositivo per via della loro singolarità. Attualmente ospita una collezione di arazzi medicei, ma in passato ha ospitato temporaneamente anche gli affreschi staccati della serie degli Uomini famosi di Andrea del Castagno, provenienti dalla Villa Carducci-Apndolfini a Legnaia, eon l'affresco di Botticelli dell'Annunciazione del 1481, staccato dalla parete della loggia dell'ospedale di San Martino alla Scala a Firenze, oppure, in un altro periodo, la grande tela della Battaglia di Ponte dell'Ammiraglio di Guttuso.