La Basilica di San Marco venne edificata sui resti di due chiese preesistenti, nel punto in cui la leggenda vuole che un angelo indicò a San Marco, in navigazione verso Roma, il luogo della sua sepoltura. I mercanti veneziani, sulle rotte d'oriente, si fermavano spesso ad Alessandria, per pregare sul sepolcro del santo. Nell'828, due mercanti veneziani, Buono da Malamocco e Rustico da Torcello, trafugarono le spoglie del Santo e le portarono in nave fino a Venezia, dopo averle nascoste in una cesta di ortaggi e maiale per sfuggire ai controlli dei musulmani. Quando il corpo del santo giunse a Venezia, fu accolto tanto benevolmente che il doge (Giustiniano Partecipazio) decise di far costruire una chiesa che fungesse anche da sepolcro per le spoglie del Santo. La decisione non era immotivata: il possesso di sacre reliquie nel Medioevo costituiva un fattore di prestigio, oltre che una fonte di enorme guadagno. Il commercio già prospero di Venezia fiorì ulteriormente e portò a nuovi scambi culturali.

La nuova chiesa, tuttavia, non durò a lungo, ma venne sostituita da una nuova chiesa, sita nel luogo attuale, e costruita nell' 832. Il nuovo edificio, però, andò in fiamme durante una rivolta nel 976. La chiesa dedicata a San Marco venne quindi nuovamente edificata nel 978 per volere di Pietro Orseolo I. Fu completamente rifatta, molto più grande, utilizzando antiche fondazioni e antiche murature, nella seconda metà dell'XI sec. (1063), a partire dal dogado di Domenico Contarini (1043-1070) e venne consacrata nel 1094.

Il bottino del sacco di Costantinopoli nel corso della Quarta Crociata arricchì il tesoro della basilica e fornì arredi di grande prestigio. Tra queste opere d'arte la più celebre è rappresentata dai famosi cavalli di bronzo dorato e argentato (di incerta origine), che furono presi dai Veneziani dal circo della capitale dell'Impero Romano d'Oriente e posti sopra il portale della basilica (oggi gli originali sono esposti nel museo della Basilica, e sopra il portale vi sono delle copie). Nel fianco destro si trovano due pilastri finemente lavorati provenienti dalla Basilica di San Polieucto.

La Basilica di San Marco, oggigiorno Cattedrale della città di Venezia, è sede del Patriarcato dal 1807, quando il Patriarcato venne qui trasferito dall'antica cattedrale di San Pietro di Castello.

Nel corso della propria storia, la Basilica svolse due ruoli di grandissimo rilievo da un punto di vista storico e politico - religioso: da una parte quello di chiesa palatina, cappella del Palazzo Ducale, dall'altra, dal 1807, quello di cattedrale della città. Nella veste di Cappella del Palazzo Ducale, la chiesa fungeva da luogo di proclamazione ufficiale e presentazione alla cittadinanza, del nuovo doge della città. Era il doge, in seguito, a fungere da primo celebrante nelle funzioni, anche se le liturgie ecclesiastiche venivano svolte dal dal "primicerio", il primo dei canonici della basilica, un ecclesiastico di nomina dogale, con prerogative episcopali, che lo rappresenta.