Santa Maria della Salute fu eretta vicino alla Punta della Dogana della Serenissima. La sua costruzione la si deve, come per le chiesa del Redentore e di San Rocco, ad un ex voto da parte dei veneziani a causa della peste che nel 1630 decimò la popolazione. La peste fu portata dal conte di Mantova, che venne internato nel Lazzaretto Vecchio, ma gli bastò entrare in contatto con un falegname per infettare la città, a partire da Campo San Lio.

Il 22 marzo 1630 il voto del Patriarca Tiepolo: «voto solenne di erigere in questa Città e dedicar una Chiesa alla Vergine Santissima, intitolandola SANTA MARIA DELLA SALUTE, et ch'ogni anno nel giorno che questa Città sarà pubblicata libera dal presente male, Sua Serenità et li Successori Suoi anderanno solennemente col Senato a visitar la medesima Chiesa a perpetua memoria della Pubblica gratitudine di tanto beneficio». Il 26 marzo in Piazza San Marco il Doge Nicolò Contarini, il clero e il popolo si riunirono a pregare. Quando la peste finì morirono 80.000 veneziani, e 600.000 nel territorio della Serenissima, da Brescia a Trieste, dal Polesine a Belluno. Fra i morti, il Doge e il Patriarca.

Il 28 novembre 1631 nella Punta da Màr, la dogana di Venezia. La sua costruzione fu affidata a Baldassare Longhena e venne finita quando il Patriarca Alvise Sagredo il 9 novembre 1687 la benedisse. Per poter erigere in quel posto la Basilica vi vollero ben 1.156.650 pali conficcati nel terreno ed una vasta bonifica del suolo.

Il corpo centrale è a forma ottagonale su cui poggia una cupola emisferica, circondato poi da sei cappelle minori. Il presbiterio e l'altare maggiore dominano su tutto. Il gruppo scultoreo sull'altare rappresenta una Madonna con bimbo, a rappresentare la Salute che difende Venezia dalla peste. Proviene dall'Isola di Creta e fu portata a Venezia da Francesco Morosini nel 1670 quando dovettero cedere l'isola ai Turchi. Le opere di Tiziano si trovano sia sul soffitto: Caino ed Abele; Il sacrificio di Abramo ed Isacco; Davide e Golia. Mentre nella sacrestia vi sono le opere San Marco in trono, con i santo Cosme, Damiano, Sebastiano e Rocco (1511-12) e Le nozze da Cana (1551).

Ogni 21 novembre dell'anno si festeggia la Festa della Madonna della Salute in cui i veneziani attraversano un ponte di barche che va da San Marco alla Basilica e vi si recano a pregare.